มาร์กาเร็ตและชาร์ลใช้เวลาส่วนใหญ่ในช่วงสามปีแรกของชีวิตสมรสด้วยกัน แต่ทั้งคู่ยังคงไร้ซึ่งบุตรธิดา ต่อมาชาร์ลหมกมุ่นกับการขยายดินแดนของบูร์กอญและออกไปทำศึกสงครามบ่อยครั้งจนแทบไม่ได้เจอหน้าภรรยา ตลอดสามปีต่อมาทั้งคู่ไม่ได้เจอหน้ากันแม้แต่ครั้งเดียว มาร์กาเร็ตใช้เวลาไปกับการเดินทางไปทั่วบูร์กอญในฐานะตัวแทนผู้รักษาผลประโยชน์ให้ชาร์ลและทำหน้าที่เป็นผู้บริหารบ้านเมือง

พระเจ้าหลุยส์ที่ 11 ยังคงวางตัวเป็นศัตรูกับบูร์กอญและต่อต้านการสมรสของชาร์ลและมาร์กาเร็ตอยู่เสมอ ทว่าในปี ค.ศ. 1474 ชาร์ลได้ทำสนธิสัญญาพักรบกับพระเจ้าหลุยส์ที่ 11 และหันไปตั้งหน้าตั้งตากับการสู้รบในไรน์ลันท์ ปี ค.ศ. 1476 ชาร์ลไม่เป็นที่นิยมในหมู่ประชาชนเนื่องถูกชาวฝรั่งเศสกีดกันด้านการค้าจนส่งผลต่อการใช้ชีวิต ชาร์ลถูกมองเป็นทรราชย์ สร้างความไม่มั่นคงให้แก่ตำแหน่งดัชเชสของมาร์กาเร็ต

ปี ค.ศ. 1476 ชาร์ลได้สร้างพันธมิตรด้วยการจับมารี ธิดาของตนหมั้นหมายกับมัคซีมีลีอานแห่งฮาพส์บวร์ค แต่ก่อนที่การสมรสจะเกิดขึ้น ชาร์ลกลับเสียชีวิตในสนามรบนอกเมืองน็องซีในดัชชีลอแรนในเดือนมกราคม ค.ศ. 1477